Dans le domaine de l'organisation et des prestations au bénéfice des enfants et jeunes à besoins éducatifs particuliers ou handicapés, un certain nombre d'évolutions contextuelles sont en court, ayant des implications sur l'enseignement spécialisé. Parmi ces changements figure principalement l'acceptation en 2004, en votation populaire, de la réforme de la péréquation financière (RPT) qui a conduit au transfert de la Confédération vers les cantons de la responsabilité formelle, juridique et financière de la scolarisation spéciale des enfants et des jeunes (de 0 à 20 ans). Sous l'égide de la CDIP, un concordat intercantonal sur la pédagogie spécialisée a été élaboré. Il définit l'offre de base en matière de pédagogie spécialisée que chaque canton signataire est tenu de proposer, seul ou en collaboration avec d'autres cantons. Sur le plan cantonal genevois, toute une série de mutations ayant des implications plus ou moins directes sur l'enseignement spécialisé sont également en cours ou envisagées. Ces nombreuses évolutions rendent nécessaire une refonte de l'organisation et des prestations de l'enseignement spécialisé et de l'appui pédagogique sur le plan cantonal. Un mandat ad hoc a ainsi été donné avec les objectifs mentionnés ci-dessous.
Concevoir une nouvelle organisation cantonale de l'enseignement spécialisé.
Clarifier les missions, les rôles et les responsabilités des institutions concernées.
Favoriser la collaboration et les interactions entre l'enseignement ordinaire et l'enseignement spécialisée.
Optimiser les ressources éducatives et thérapeutiques affectées à l'enseignement spécialisé.
Améliorer la lisibilité et la compréhension par tous les acteurs internes et externes des processus d'appui et d'orientation des élèves.
2008 : 1er rapport intermédiaire, demande d'un audit à PriceWaterhouseCoopers, désignation du comité de pilotage et de l'équipe projet, rendu du 2e rapport intermédiaire qui intègre les 22 recommandations de PWC, instauration du groupe de pilotage, adoption par le Grand Conseil de projet de loi sur l'intégration des enfants et des jeunes à besoins éducatifs particuliers ou handicapés
(L 9865) et de celui autorisant le Conseil d'Etat à adhérer à l'accord intercantonal sur la collaboration dans le domaine de pédagogie spécialisée (L 10353)
2009-2010 : Clarification des missions, des rôles et des responsabilités dans le domaine de l'enseignement spécialisé, création de l'office médico-pédagogique (OMP) et mise en place d'une direction de l'enseignement en charge des élèves à besoins spécifiques articulée avec l'enseignement ordinaire.