L'école primaire constitue la première étape de la scolarité obligatoire pour tous les enfants du canton. Elle débute légalement à 6 ans et comprend les degrés de la 1ère à la 6e primaire. Les élèves quittent l'enseignement primaire au terme de la 6e pour entrer au Cycle d'orientation (CO). Avec l'entrée en vigueur d'HarmoS, l’école sera obligatoire dès l’âge de 4 ans révolus à partir de la rentrée 2011.
Jusqu'en 2011, l'école enfantine est légalement facultative. De 4 à 6 ans, elle regroupe la 1ère enfantine et la 2e enfantine. Elle est fréquentés par près de 95% des élèves de cette tranche d'âge. Les contenus dispensés dans ces deux degrés sont pleinement intégrés aux objectifs d'apprentissages.
Regroupées en 90 établissements, les 164 écoles primaires du canton sont dirigées par une directrice ou un directeur. Proches des équipes enseignantes et de la vie de l'école, les directions d'établissement peuvent intervenir et interagir rapidement. Cette organisation permet également de renouveler les liens avec les partenaires de l'école ainsi que la cohérence de l'encadrement des élèves sur l'ensemble de la scolarité obligatoire. Des conseils d'établissement regroupent des représentant-e-s de l'école, des parents, du quartier et de la commune. Un projet d'établissement est réalisé au sein de chaque établissement scolaire.
Dans le cadre de la mise en place du nouveau fonctionnement de l'enseignement primaire, un observatoire composé de quatre personnalités indépendantes a été créé à la rentrée scolaire 2008. L'observatoire publie chaque année un rapport (Rapport de synthèse de l'année scolaire 2008 – 2009).
Par ailleurs, afin de renforcer la cohésion sociale dans le canton, le Réseau d'enseignement prioritaire (REP) a été instauré en 2006. A ce jour, les 15 établissements concernés l'ont intégré. Le REP réunit les écoles où plus de 55% des parents d'élèves sont issus de catégories socioprofessionnelles défavorisées.
L'école primaire genevoise s'organise en deux cycles de quatre ans chacun:
Les objectifs de l'école primaire ainsi que les les modalités de l'évaluation scolaire sont décrits dans le Règlement de l'enseignement primaire C 1 10.21. Dès la 3P, les connaissances et compétences des élèves sont évaluées avec des notes. Les moyennes calculées sur cette base participent à décider pour chaque élève de son passage ou non au degré supérieur.
Le Plan d'études de l'enseignement primaire précise les contenus à travailler par degré. L'ensemble de l'organisation et du fonctionnement de l'enseignement primaire se fondent sur la Loi sur l'instruction publique C 1 10.